Kystdirektoratet varetager bl.a. myndighedsopgaver indenfor kystbeskyttelse, havne og statens højhedsret over søterritoriet, rådgivning af transportministeren, samt projektering, analyser, anlæg og drift indenfor kystbeskyttelses- og havneområdet.

Klima og kystnære områder er for Kystdirektoratet i fokus. For klimaforandringer med højere vandstande og mere ekstreme vejrforhold kræver udvikling af nye risikoanalyser og metoder til kystbeskyttelse og formidling af viden til andre myndigheder og borgere langs Danmarks over 7.300 km kyststrækning.