Direktoratet for FødevareErhverv administrerer EU's markedsordninger for landbrugsvarer, frugt og gartneriprodukter samt fiskerivarer. Direktoratet har som det eneste danske udbetalingsorgan over for Kommissionen ansvaret for alle udbetalinger, der finansieres af Landbrugsfondens Garantisektion, og i denne forbindelse er direktoratet ansvarlig over for EU-Kommissionen for korrekt forvaltning af midler fra Fællesskabets Jordbrugs- og Fiskerifond.

Direktoratet for FødevareErhverv varetager opgaver i forbindelse med erhvervsfremme, strukturtilpasning, forskning og udvikling inden for fødevaresektoren. Direktoratet varetager endvidere opgaver vedrørende landbrugsloven, jordfordeling, fysisk planlægning, areal-, ejendoms- og byggeadministration, fondsadministration og støtte til østlandene.