Debio kontrollerer at gårdsbruk o.l. som produserer økologiske matvarer, og bedrifter / omsetningsledd som foredler, importerer og håndterer økologiske matvarer, virkelig overholder reglene som gjelder på dette området. Debio er med andre ord utøvende kontrollinstans for økologisk produksjon i Norge. Kontrollen skjer ved årlige inspeksjoner.
Debio godkjenner for bruken av Debios Ø-merke på økologiske varer, og kombinasjonen Ø-merket/Demeter på biologisk-dynamiske varer. Ø-merket er forbrukerens garanti for at en vare er økologisk godkjent.